Dans le cadre d’un contrôle du Crédit d’Impôt Recherche (CIR), un expert mandaté par le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) éclaire l’administration en émettant un avis sur la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour le calcul du crédit d’impôt. Lorsqu’il est défavorable au contribuable, le rapport d’expertise influe dans une large mesure sur l’issue du contrôle. L’administration demeure toutefois seule compétente pour l’application des procédures de rectification.

(i)             Sur l’intervention du MESR

Les articles L. 45 B et R. 45 B-1 du Livre des procédures fiscales (LPF) prévoient ensemble l’intervention du MESR au sein de la procédure de contrôle du CIR. Ils indiquent qu’il peut intervenir de sa propre initiative ou sur demande de l’administration.

Pour que l’expert mandaté par le MESR établisse son rapport, un certain nombre d’échanges de documents sont prévus avec le contribuable. Toutefois, l’organisation d’une rencontre avec les chargés de recherche n’est qu’une faculté trop rarement exploitée par l’expert qui n’est pas soumis au principe du contradictoire. L’insuffisance voire l’absence d’échanges verbaux entre l’expert et l’entreprise est d’autant plus regrettable que les sujets traités sont souvent très techniques et nécessitent de longues explications. L’analyse réalisée par l’expert peut apparaitre déceptive eu égard à la complexité des dossiers CIR.

Une fois établi, le rapport d’expertise est notifié au contribuable et à l’administration. Lorsqu’il conteste la réalité de l’affectation à la recherche de dépenses prises en compte pour la détermination du CIR, il est accompagné de justifications.

(ii)           Sur la compétence liée de l’administration  

En principe l’article L. 45 B du LPF énonce que l’administration, malgré l’intervention du MESR, « demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification ». L’administration est donc seule compétente pour rectifier le montant du CIR.

En pratique, lorsqu’il est défavorable au contribuable, l’administration se range à l’avis de l’expert en reprenant l’argumentation formulée par ce dernier. Lors des différents recours hiérarchiques, l’administration refuse en général tout débat technique sur l’éligibilité des travaux de recherches, pourtant au cœur du CIR. Le contribuable se trouve donc dans une impasse, handicapé par un rapport défavorable.

(iii)         Sur les solutions envisageables  

Lorsqu’à la suite de la réponse aux observations du contribuable le désaccord relatif à la détermination du CIR persiste entre l’administration et l’entreprise, cette dernière peut saisir le Comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche. Cette commission se prononce sur les questions de fait ainsi que sur les faits susceptibles d’être pris en compte pour l’examen des questions de droit. Toutefois, en l’absence de représentant des contribuables, le Comité n’est pas mixte ce qui est particulièrement regrettable. En pratique, le Comité contredit très rarement l’avis rendu par l’expert mandaté par le MESR.

L’entreprise qui souhaite obtenir une contre-expertise de son dossier CIR peut, en dernier recours, demander au juge la désignation d’un expert. Dans un contexte de preuve objective où il convient d’apporter la preuve, d’une part, de la réalisation d’opérations de recherche, et d’autre part, du caractère infondé de l’analyse de l’expert, solliciter une contre-expertise peut se révéler opportun. Néanmoins, le juge n’est pas tenu de faire droit à une telle demande et ne peut l’ordonner que dans la mesure où il l’estimerait utile à la solution du litige. Dans la pratique, les demandes d’expertise sont souvent refusées.

In fine, l’importance du poids du rapport d’expertise sur l’ensemble du contentieux CIR plaide pour une évolution de son cadre procédurale. La simple faculté qu’a l’expert de se rendre dans les locaux de l’entreprise devrait être une obligation destinée à favoriser l’échange d’informations. La pratique démontre que les quelques écrits échangés entre l’expert et l’entreprise ne permettent pas toujours une bonne compréhension des dossiers CIR et sont insuffisants compte tenu de leur complexité. Il apparait donc particulièrement opportun d’instaurer l’obligation d’un véritable débat oral et contradictoire permettant une parfaite compréhension des travaux de recherche exposés par les entreprises.

https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/mesr-controle-cir

Igor ALDEBERT.

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